Après avoir abandonné ses études de médecine (son père était diabétologue), il devient second assistant du réalisateur Yves Robert.
En 1964, il entre aux nouvelles éditions Barclay en tant que « compositeur d'édition » et écrit ses premières chansons. Il est interprété par Hugues Aufray (1966), Hervé Vilard, Dalida, Marie Laforêt, etc.
Il enregistre un premier album en 1967 (Je n'aurai pas le temps, Les fleurs de mandarine) et en 1970, la comédie musicale Un enfant dans la ville.
En 1972, c'est la naissance du « Big Bazar », un groupe de 11 musiciens et 15 autres personnes (en tournée ils étaient jusqu'à 35) : Fais comme l'oiseau (une adaptation de la chanson brésilienne Você Abusou), Une belle histoire, La fête, etc. En 1976, Michel Fugain quitte le Big Bazar qui s'arrêtera quelques années plus tard.
En 1977, naît la «Compagnie Michel Fugain». Avec entre autres Roland Magdane.
En 1979, il fonde un atelier de comédie musicale (un lieu de formation pour jeunes artistes) à Nice, dans les Studios de la Victorine.
Il revient en 1986 avec la chanson Viva la vida.
La mort de sa fille Laurette le 18 mai 2002 est un évènement qui l'amène à abréger sa carrière pour ne s'« attacher, désormais, qu'à l'essentiel ».
Après la création d'une comédie musicale, Attention mesdames et messieurs (M6 à l'automne 2005), qu'il considère comme une monumentale erreur, est à la fois bilan de sa carrière et passage de relais envers une nouvelle génération - les castings et répétitions furent filmés par M6, ce qu'il regrettera par la suite - il sort en 2007 Bravo et Merci, ultime album sous forme d'hommage à ses « confrères » où il chante des textes offerts par Charles Aznavour, Maxime Le Forestier, ou encore l'un des derniers textes de Claude Nougaro. Il est également parrain du festival d'Auris en Oisans "Des lendemains qui chantent", dont la direction artistique est assurée par Freddy Zucchet.
